境内河流属韩江水系，主要河流韩江二级支流石窟河在县境内长61.4公里，集水面积728.2平方公里，石窟河流域（含其支流高陂河、柚树河、石扇河、广福河、溪峰河）是蕉岭县较大的盆地和主要耕作区，耕地约10万亩，居住人口17余万人。其它河流还有高思河、南礤河、北礤河亦分别冲积成山间小盆谷。