巴里坤哈萨克自治县位于新疆维吾尔自治区东部,天山东段北麓,南隔巴里坤山与哈密市为邻,县城巴里坤镇距乌鲁木齐市公路里程570千米。东界伊吾县,西接木垒哈萨克自治,北与蒙古国接壤。全县总面积37303.79平方千米。